home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00388 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  38 lines
  1. ******************************************************
  2. * DNA mismatch repair proteins mutS family signature *
  3. ******************************************************
  4.  
  5. Mismatch repair contributes to the overall fidelity of DNA replication [1]. It
  6. involves the correction of mismatched base pairs that  have been missed by the
  7. proofreading  element  of the DNA polymerase complex.     The sequence of some
  8. proteins involved in mismatch repair in different organisms have been found to
  9. be evolutionary related [2,3]. These proteins are:
  10.  
  11.  - Escherichia coli and Salmonella typhimurium mutS protein.   Muts is thought
  12.    to carry out the mismatch recognition step of DNA repair.
  13.  - Streptococcus  pneumoniae  hexA  protein.  HexA  is functionally similar to
  14.    mutS.
  15.  - Yeast MSH1 which is involved in mitochondrial DNA repair.
  16.  - Yeast MSH2 which is involved in nuclear DNA repair.
  17.  - Yeast MSH3 whose exact function is not yet known.
  18.  - Fission yeast swi4, a protein involved in the termination of copy-synthesis
  19.    during mating-type switching.
  20.  - Mammalian protein Duc1 (DUG) or Rep-3 (Rep-1).
  21.  
  22. As a signature pattern for  this class of mismatch repair proteins we selected
  23. a region rich in glycine and negatively charged residues. This region is found
  24. in the C-terminal  section of  these  proteins;  about  80  residues to the C-
  25. terminal of an ATP-binding site motif 'A' (P-loop).
  26.  
  27. -Consensus pattern: D-E-[LIVM]-G-R-G-T-x-[GT]-x-[DE]-G
  28. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30. -Last update: October 1993 / Text revised.
  31.  
  32. [ 1] Modrich P.
  33.      Annu. Rev. Biochem. 56:435-466(1987).
  34. [ 2] Haber L.T., Walker G.C.
  35.      EMBO J. 10:2707-2715(1991).
  36. [ 3] New L., Liu K., Crouse G.F.
  37.      Mol. Gen. Genet. 239:97-108(1993).
  38.